Как отмечено в уставе, главные цели организации — содействие развитию остеопатии как самостоятельного направления медицины, пропаганда достижений остеопатической науки в России, развитие международных связей, в том числе установление контактов с зарубежными регистрами остеопатов. Среди задач Ассоциации также назван учет специалистов, занимающихся остеопатической практикой на территории России.